Depuis le XIVème siècle, il existe dans la Chrétienté occidentale un fort courant d’opinion en faveur d’une réforme générale de l’Eglise. Tous les synodes s’en préoccupent, à partir du 15e Concile général tenu à Vienne (1311-1312). Un peu avant que se réunisse celui de Bâle, en 1436, le cardinal Cesarini signale au pape la nécessité absolue de « réformer l’Eglise dans le chef et dans les membres ». De nombreuses voix s’élèvent contre la fiscalité pontificale : annates ou droit équivalent à une année de revenu que payait le nouveau titulaire d’un bénéfice (abbaye, évêché ou cure); réserves ou droit réservé au pape de nommer à de nombreux bénéfices; expectatives ou désignations des titulaires futurs avant toute vacance, ces deux sortes de nominations étant faites par les papes contre argent. Il est certain que de nombreux fidèles sont outrés du comportement de nombreux ecclésiastiques : clercs simoniaques achetant de la curie pontificale des nominations ou des démissions de titulaires; haut-clergé cumulant les bénéfices, évêchés et abbayes; évêques de mœurs fastueuses ou dépravées, jouissant de leurs revenus en princes et négligeant leurs devoirs; bas-clergé ignorant et grossier; dans certains pays, bénéfices accaparés par des étrangers; papes scandaleux, enfin, comme Alexandre VI Borgia (1492-1503).Cependant, il ne faudrait pas pousser le tableau trop au noir, et s’imaginer que les institutions ecclésiastiques de ce temps sont complètement corrompues et mûres pour la dissolution. Il est parmi les prélats des hommes de grande foi et de devoir. D’autre part, si justifiées sont-elles, les doléances formulées par les synodes n’analysent que rarement les causes profondes du mal. Or, c’est là un fait majeur, les élites laïques portent une part de responsabilité dans les faiblesses du clergé. A partir du XIVème siècle, et surtout au cours du XVème, de nombreux souverains laïques ont réussi à substituer leur pouvoir à celui des autorités ecclésiastiques, en particulier en ce qui concerne les nominations aux sièges épiscopaux et aux abbayes. De là, celles de personnages indignes, choisis en fonction de critères complètement étrangers à la religion. Le même fait se retrouve à un niveau inférieur : la nomination du curé est souvent le fait du seigneur de la paroisse. Comme il n’existe pas encore de séminaires pour former les prêtres, les connaissances théologiques de ceux-ci laissent, en général, à désirer. Seuls quelques-uns peuvent étudier dans les Universités. La majorité d’entre eux doit se contenter de rudiments transmis par des clercs plus anciens. Il existe un prolétariat ecclésiastique qui scandalise souvent les fidèles par des occupations accessoires inconvenantes, quand ce n’est pas par la recherche de l’argent, l’ivrognerie ou le concubinage. Enfin, les monastères ne sont que trop souvent des institutions d’accueil pour des cadets ou des cadettes de la noblesse, le plus souvent dépourvus de toute vocation véritable.

Décadence morale ?
En ce qui concerne la masse des laïcs, il apparaît bien difficile de dire s’il existe vraiment une décadence morale généralisée aux XIVème et XVème siècles. En effet, les prédicateurs, comme les auteurs satiriques, tracent toujours des tableaux très noirs de leur époque. Ceci dit, il apparaît certain que la piété de certains chrétiens semble superficielle, routinière, puis, de temps à autre, brusquement portée à une exaltation démesurée. Insuffisamment contrôlée par la doctrine, certaine pratique tend à rechercher les sensations faciles et prête le flanc à l’exploitation commerciale. En particulier, par les accumulations de reliques étranges ou absurdes, par les abus de la prédication des indulgences et des pèlerinages. Toutefois, il convient, là aussi, de se garder des généralisations abusives. Si la doctrine chrétienne est souvent mal connue et mal comprise, si le clergé ne lutte pas suffisamment contre la superstition, les hommes de la fin du Moyen Age n’en apparaissent pas moins religieux que leurs ancêtres. La ferveur semble même s’accroître, à la fin du XVème et au début de XVIème siècle. On bâtit une multitude d’églises, de chapelles latérales, d’oratoires isolés. De nombreux missels, livres d’heures, récits de miracles, recueils de paroles de Jésus, préparations à la mort, sont imprimés. C’est auXVème siècle qu’apparaissent des pratiques de dévotion encore populaires aujourd’hui, comme le Rosaire, l’Angelus, le Chemin de Croix. La sensibilité religieuse ne cesse de grandir. Il semble que les chrétiens ont alors besoin, davantage qu’auparavant, d’une religion sensible au cœur, vécue de façon concrète et précise. C’est alors que triomphe le culte de la Vierge de consolation et de miséricorde, la doctrine de l’Immaculée Conception, dont la Faculté de Théologie de Paris impose, le 3 mai 1497, la profession à ses docteurs. Des personnalités puissantes travaillent, par la parole et par l’action, à l’amélioration de la situation religieuse. Ainsi certains prélats, comme Ferrand de Talavera, fondateur, à Grenade, d’un archevêché modèle. Ainsi certains réguliers, comme Bernardin de Feltre, fondateur des Monts-de-Piété à partir de 1484. Des résultats partiels sont obtenus. C’est également un zèle pour la réforme, ardent, mais mal dirigé, qui provoque les hérésies populaires de John Wyclif en Angleterre et de Jean Hus en Bohème, ainsi que l’agitation de petits groupes fanatiques, se réclamant de la seule Ecriture Sainte. Il paraît alors des libelles et des satires, sous forme de visions ou de prophéties, remplis d’aversion envers les prêtres et les moines, réclamant que l’on confisque au clergé ses propriétés. La critique de l’état de l’Eglise suscite des prises de position passionnées. De 1491 à 1498, la question de la réforme est posée à Florence par les prédications enflammées et les prophéties de Jérôme Savonarole. Sans toutefois qu’elle éveille l’attention qu’elle méritait auprès de la Curie romaine. On voit alors Jules II (1503-1513) commander des armées, et Léon X (1513-1521) faire de Rome le plus brillant foyer de la Renaissance. Il n’en est pas moins regrettable que les papes se soient alors dérobés à leur tâche, et qu’il en ait été de même des conciles généraux. Les 16ème et 17ème, ceux de Constance (1414-1418) et de Bâle (1431-1437) n’avaient guère agi dans le sens attendu par les chrétiens les plus fervents. Il en est à peu près de même du 18ème, celui de Latran (1512-1517) et sans doute la déception alors ressentie contribue-t-elle à expliquer la suite des événements. En tout cas, cette carence apparaît d’autant plus regrettable qu’un mouvement d’ampleur européenne, l’humanisme, conduit les âmes pieuses à l’étude directe de la Bible, désormais largement diffusée grâce à l’imprimerie, et éveille ou réveille l’esprit critique. En 1511, Erasme publie l’Eloge de la Folie, dans lequel on trouve de vives attaques contre les abus dont souffre l’Eglise et des sarcasmes à l’adresse du clergé. Son retentissement est profond en Allemagne, l’un des pays d’où Rome tire le plus d’argent par le système des réserves et des expectatives, et où les biens d’Eglise sont plus considérables que partout ailleurs : un tiers du sol allemand. Ce qui suscite les convoitises des princes. Lorsque Luther, en 1517, affiche ses 95 thèses à Wittenberg, beaucoup d’Allemands sont séduits par le caractère anti-romain de ce geste. Et par la suite, de nombreux princes adoptent le luthéranisme et s’emparent des biens d’Eglise se trouvant à leur portée. Tous les pays d’Europe, au cours des années suivantes, se trouvent obligés de prendre position. Certains, comme la Scandinavie, passent à la Réforme sans heurts graves. D’autres demeurent, dans leur totalité, fidèles à Rome. Ainsi l’Italie, la péninsule ibérique, l’Irlande. L’Angleterre opère sa réforme particulière avec la constitution d’une Eglise d’Etat par Henri VIII. Enfin, une nouvelle génération de réformateurs, avec Jean Calvin, conquiert Genève et l’Ecosse, répand sa doctrine en France, en Bohème, en Hongrie, dans le Nord des Pays-Bas. Il n’y a que deux grands pays où les divergences religieuses tournent à l’affrontement, puis à la guerre civile :
 l’Allemagne, puis la France.
Charles-Quint
L’Empereur Charles-Quint, fervent catholique, réunit à Spire la Diète d’Empire, en 1529. Comme il y est décidé que l’on tolérera le luthéranisme partout où il est établi, mais qu’on ne le laissera pas se développer ailleurs, cinq princes et quatorze villes protestent : de là le nom de protestants, appelé à un usage universel. Une tentative d’entente ayant échoué à la Diète d’Augsbourg, les protestants se trouvent amenés à se constituer en un parti : la Ligue de Smalkalde (1531). La guerre n’éclate pas tout de suite, parce que Charles-Quint se trouve détourné des affaires allemandes par la guerre contre François Ier. C’est seulement en 1547 qu’il attaque les coalisés, et met leur armée en déroute à Mühlberg. Mais il ne peut tirer parti de cette victoire, et doit traiter à Augs-bourg (1555). Le luthéranisme est juridiquement reconnu. Les princes peuvent choisir librement leur religion, mais leurs sujets sont tenus de l’adopter (cujus regio, ejus religio) ou d’émigrer. Les sécularisations opérées jusqu’en 1552 sont admises. Mais dorénavant, tous les princes qui adopteront le luthéranisme devront remettre au clergé catholique les biens d’Eglise situés sur leur territoire. On estime que les deux tiers de l’Allemagne relèvent alors de princes protestants.François Ier a besoin d’eux pour sa politique étrangère. Aussi hésite-t-il longtemps à sévir contre leurs coreligionnaires français. Libéré de tout souci à l’extérieur après la signature du traité du Cateau-en-Cambrésis (1559), Henri II est bien décidé à extirper l’hérésie. Mais les Eglises protestantes de France sont désormais organisées et unies. De nombreux gentilshommes se sont convertis au calvinisme. Des princes et de grands seigneurs, comme les Bourbons, les Guise et les Montmorency, mobilisent leurs clientèles. On dénombre, traditionnellement huit guerres de Religion, séparées par des paix et des trêves plus ou moins mal respectées, et comportant de multiples épisodes, dont les plus célèbres sont la Saint-Barthélemy (24 août 1572), la journée des Barricades (à Paris, le 12 mai 1588), les assassinats du duc de Guise (à Blois, le 23 décembre 1588) et d’Henri III (à Saint-Cloud, le 1er août 1589). Comme en Allemagne, le conflit religieux présente un aspect politique et social. Les nobles et grands bourgeois protestants souhaiteraient une monarchie tempérée par des institutions représentatives. Les grands nobles catholiques, membres des deux Ligues de 1576 et 1585 rêvent d’un retour à la France féodale du temps d’Hugues Capet. Ils sont appuyés en général par les groupes sociaux les plus défavorisés.La longueur du conflit s’explique par le fait qu’aucun des adversaires n’est en état de porter à l’autre un coup décisif. Les calvinistes, n’étant qu’une minorité, ne peuvent triompher de la masse de la nation, restée catholique. Les catholiques ne peuvent en finir avec les calvinistes, parce que ceux-ci sont dispersés dans toute la France. Le Midi – l’Aquitaine et le Languedoc – est leur principal foyer de résistance. Mais on en trouve aussi en Auvergne, en Bourgogne et dans le Nivernais. Il n’existe pas un centre vital, où un seul coup frappé pourrait les abattre.Après l’assassinat d’Henri III, la France semble sombrer dans le chaos. Les catholiques refusent de reconnaître Henri de Navarre, prince protestant, comme roi de France. Après cinq années de guerre civile, il se convertit à Saint-Denis (23 juillet 1593), se fait sacrer à Chartres, et peut ensuite pénétrer dans Paris, (22 mars 1594). Plusieurs années seront encore nécessaires pour que son autorité soit reconnue dans toute la France. L’Edit de Nantes, promulgué le 13 avril 1598, garantit aux protestants la liberté de conscience dans tout le royaume; certaine liberté de culte; l’égalité juridique absolue avec les catholiques et l’accès à tous les emplois; la création de chambres mi-parties, composées de juges catholiques et calvinistes. Enfin, le droit d’occuper des « places de sûreté » et de tenir des assemblées générales. A l’inverse du principe cujus regio, ejus religio, la France, sous la pression des circonstances, a adopté le principe de la liberté religieuse pour tous. Mais, de part et d’autre, on ne le considère que comme une trêve. Le combat, plus sournois, des sentiments et des idées ne cessera pas.