Il n’est pas possible d’accepter que les catholiques de France soient dépossédés de leur histoire par les présentations qu’en fait la « vulgate » officielle et médiatique du quatrième centenaire de l’Edit de Nantes, les traitant encore une fois en accusés. Il importe à cet égard de redonner la parole, occultée, aux témoins authentiques. Car il y eut bien totale intolérance huguenote, souvent avec le concours de l’étranger, puis de l’Edit de Nantes par l’effet des conception et usage non impartiaux de cet Edit, chez Henri IV. L’atteste, par exemple, ce témoin direct d’époque qui s’appelle saint François de Sales. Il le fait, entre autres, dans deux lettres d’autant plus fortes de témoignage qu’il les adresse, en qualité de coadjuteur puis d’évêque de Genève replié à Annecy, au pape Clément VIII, pour lui confirmer ce qu’était la situation exacte, en ces affaires.

« Aucune place ».
Le 15 novembre 1603, rappelant au pape l’histoire de son diocèse dans les soixante-dix années précédentes, saint François décrit, comme il l’avait personnellement constaté sur place, ce qu’étaient devenus le Chablais et le pays de Gex. Soit, dans son diocèse, les bailliages de Ternier, de Thonon, de Gaillard et de Gex occupés par la Réforme armée, déboulant là de Berne, c’est-à-dire de l’étranger. Le territoire des trois sous-préfectures actuelles de Thonon, Saint-Julien en Genevoix et Gex : presque l’équivalent d’un département français d’aujourd’hui. « Les temples (catholiques), note saint François, (y) estoyent en partie abbatus et en partie déserts. L’on ne voyait en pas un lieu les enseignes de la Croix (abattues aussi par les huguenots) : les vestiges de l’ancienne et vraye Religion estoyent effacez. (...) Les Docteurs de l’hérésie estoyent par tout (...), occupant les Chaires. (... Ils) menaçoient le peuple par leurs espions ». Ainsi, conclut le saint, « il n’y a rien (en Chablais) que douze ans (depuis donc 1591), que l’hérésie s’enseignoit en soixante-cinq Paroisses, (. 

..) qui estoyent tellement occupées, que la Religion romaine n’y pouvoit trouver aucune place ». Saint François réussit entre-temps (après 1595) à restituer à leur catholicisme naturel les habitants du Chablais soumis à la totale intolérance huguenote, constatée dans bien d’autres régions tenues par la Réforme. Mais ce fut seulement par le moyen clandestin de ses dangereuses entrées et de ses habiles tracts, puis, comme il le souligne, avec l’aide active du catholique duc de Savoie, souverain indépendant du roi de France.

Par Henri IV conservé à la Réforme.
En 1602, par une autre lettre à Clément VIII, saint François avait rendu compte au pape de l’échec de la mission dont il avait été chargé auprès d’Henri IV. Pour, de celui-ci (qui venait en 1601 de se faire adjuger par conquête le pays de Gex), obtenir le rétablissement de la possibilité du culte catholique dans ce pays devenu français. En application de ce qu’avait prétendu disposer ce même roi par son Edit de Nantes, en 1598, dans toute la France : la (trop) fameuse (parce que fallacieuse) possibilité pour les catholiques de « célébrer leurs offices dans l’ensemble du pays ». « J’étois allé devers le Très-Chrestien Roy de France, écrivait saint François au pape, au commencement de ceste année, pour traicter au nom de l’Evesque, du Chapitre et de ce Clergé (d’Annecy-Genève) de remettre la foy Catholique dans le Bailliage de Gex. Il ne se pouvoit rien proposer, ny de plus juste, ny de plus important. Et certes Vostre Saincteté n’y a pas espargné le soing de son accoustumée vigilance : (l’) Evesque Camerin, son nonce apostolique, (...) en a souvent et sérieusement traicté avec le Roy mesme ». Cependant, alors qu’Henri IV disposait là de toutes les facilités d’un conquérant, « le Roy, poursuivait le saint, nous a mis luy-mesme en avant la dure condition des temps, et qu’il desiroit bien grandement que la Religion Catholique fust par tout, mais que tout ne lui estoit pas